Истоки Муйнакского канала начинается с водохранилище Междуречье, расположенное в поселке Кызылжар. В основном Муйнакский канал является источником доставки воды с водохранилище Междуречье до Муйнакского водохранилище, а также обеспечением питьевой водой населенных пунктов Муйнак, Ушсай, Тикозек и других хозяйств.
Как известно, что в 2015 году принято Постановление Кабинета Министров Республики Узбекистан от 29 августа 2015 года « О комплексной программе мер по смягчению последствий Аральской катастрофы, восстановлению и социально – экономическому развитию региона Приаралья на 2015 -2018 годы».
На основании данного Постановления Исполнительным Комитетом Нукусского филиала Междунродного Фонда Спасения Арала в рамках проекта «Создание внутренние водные бассейны на дельте реки Амударья. Фаза II» в 2017 году осуществлены работы по реконструкции Муйнакского канала. Этот проект финансирован насчет членского взноса Международного Фонда Спасения Арала Правительство Республики Узбекистан.
В рамках этого проекта с реконструкцией Муйнакского канала возведен новый объект с мощностью передачи воды в секунду 44, 0 метр куб в длину 25 километров, который сдан в эксплуатацию.
Строительные работы на Муйнакском канале полностью завершены подрядчиком ООО «Зарафшанмахсуссувкурилиш» и сданы в эксплуатацию
По поддержке реализации общенационального проекта «Яшил макон» заказчиками и подрядчиками были высажены 5887 саксаула и другие устойчивые растения на завершающих работу, частях Муйнакского канала.
С реконструкцией Муйнакского канала ожидается осуществление новых проектов по смягчению климата Муйнакского района, сохранение биоразнообразие территории, повышение производительности, развитию рыболовства.